我们现在已知道，生物性状的遗传并非总有显性和隐性之分。如果把红花金鱼草（ＲＲ）和白花金鱼草（ｒｒ）杂交，得到的第一子代Ｆ１（Ｒｒ）开的是粉红色的花，看上去似乎是父母性状的融合。但是基因并没有融合，让Ｆ１自交，得到的Ｆ２会有粉红花、红花和白花，比例分别是２：１：１，仍然符合孟德尔第一定律（分离定律），只不过杂合体（Ｒｒ）的表现型介于纯合体之间。这种现象，在分子水平上是很容易理解的。生物性状是蛋白质起作用的结果，而蛋白质是由基因春秋网http://bbs.cqzg.cn编码的。在金鱼草实验中，基因Ｒ编码一种酶，这种酶能够催化一种反应导致在花瓣中生成红色色素，而对应的基因ｒ所编码的蛋白质则缺乏这种催化能力。纯合体ｒｒ因此不能合成红色色素，生成了白花。杂合体Ｒｒ有一个等位基因编码这种酶，能够合成一些红色色素，生成粉红花，而纯合体ＲＲ则有两个等位基因同时编码这种酶，能够生成更多的色素生成红花。只有当一个等位基因能够完全取代两个等位基因的作用时，才会出现显隐性现象，这是比较少见的。春秋网http://bbs.cqzg.cn
一个性状也不总是只由一对基因控制，它往往是两对甚至许多对基因共同作用的结果。比如人的肤色，就是由多对基因控制的，其结果，才出现了子女的肤色是父母的融合的假象。
孟德尔第一定律是普适的，但是第二定律（独立分配定律）却有很大的局限性。只有当两对（或两对以上）基因是位于不同的染色体时，它们才独立地进入配子自由组合。如果这两对基因是位于同一对染色体上，它们就会连结在一起进入配子。
我们知道了生物遗传的复杂性之后，再回头来看孟德尔的实验，就会明白孟德尔是多么的幸运！他研究的豌豆的那七对性状，每一对刚好都由一对基因控制，刚好都有显隐性现象，而且刚好都在不同的染色体上。如果他不是这么运气，如果他碰上的是更常见的复杂的遗传，他就会对实验的结果百思不解，就不可能发现遗传定律。而如果没有这些简单化的定律为起点，我们也不能进一步了解更复杂的遗传现象。
