在许多基础性工作中，加强学风道德建设，一直是朱光亚主持中国工程院工作时的一个重点。
1994年6月，在朱光亚当选为中国工程院院长的第一天，他向全体院士发表就职讲话时说，我们作为中国工程院的首批院士，要在整个科技界发扬科学精神和优良学风，树立起高尚的职业道德。在1995年工程院首次增选院士的评审会议上，他又一次语重心长地对大家说：“国务院文件和《中国工程院章程》中都做出了明确规定，中国工程院院士是国家设立的工程技术方面的最高学术称号，享有终身荣誉。因此，我们作为具有这样很高声誉的院士个人，理所应当在工程技术上要有重要成就和贡献。同时也应该具有良好的学风道德，使得中国工程院这个集体，真正成为全国工程技术界的榜样。”
1997年7月，朱光亚亲自修订了他在院士增选会议上的讲话稿，对学风道德问题又做了特别强调。他极力主张并主持设立了中国工程院科学道德建设委员会。为了发挥道德委员会的实际作用，他亲自向主席团推荐潘家铮、侯祥麟两位主席团成员为道德建设委员会的正副主任。主席团明确规定了道德委员会的职能，即弘扬科学精神，倡导优良学风，维护科学真理和科学道德，捍卫科学尊严，反对封建迷信和伪科学等。
从不谈自己，只谈别人和集体
朱光亚对自己要求非常严格。他从不张扬个人，凡是接触过他的人都有这样的感触，他对自己的成就和贡献从来只字不提，这在中国工程科技界是有口皆碑的。这种缄默展示着这位老科学家虚怀若谷的博大胸怀。1996年初，解放军出版社策划出版了一套“国防科技科学家传记丛书”，他自然是必写对象之一。报请审批时，他二话不说，提笔就把自己的名字
划掉了。在有关国防科技历史的文献中，都有他撰写的文章，但字里行间他都只谈别人和集体，从不谈自己。他经常谦虚地说：“核武器研制是一项综合性很强的系统工程，需要有多种专业的高水平科学家与工程技术人员通力协作。”他特别强调钱三强、王淦昌、彭桓武、郭永怀、保泽慧、邓稼先、程开甲、陈能宽、周光召、龙文光等科技专家在其中所建立的不可磨灭的功勋。
1994年3月，在全国政协八届二次会议选举的当天，出席会议的近2000名全国政协委员，有96%投了朱光亚的票，朱光亚顺利当选全国政协副主席。作为新中国原子弹及氢弹研制的科技领导者之一，朱光亚长时期内很少出头露面，以至于在审读他那简短而不平凡的履历时，政协委员们都受到了深深的震动。在被选为全国政协副主席后，他说：“实在是过奖了，要说做了一些工作，那是大家做的，我个人并没有什么值得称道的地方。”
还有一件鲜为人知的事情，颇能说明朱光亚的个人风格。1996年10月，朱光亚荣获“何梁何利科学技术成就奖”，奖金为100万元港币。颁奖的头一天，他就对身边的同志说要把奖金全部捐出去，作为中国工程科技奖助基金。100万港币可不是一个小数字，如果存在银行，当时每年的利息少说也有10万。身边的同志虽然知道他的决定一定是经过考虑不会轻易改变的，但还是不忍心他这样做，因为他的经济状况并不特别宽裕。于是，有人试探性地建议说：您是不是从中拿出一部分来捐比较合适，比如说50万，这也不少了。朱光亚的回答是：“中国工程科技界的工程科技奖助基金，现在有很大一部分是由海外友好人士捐助的，如果我们也能捐一点，虽然为数不很多，也算是做一点工作和一份贡献。”
尤其令人敬佩的是，在捐出了100万元港币之后，朱光亚又反复叮嘱周围的人不要把这件事张扬出去。不宣传不张扬自己是朱光亚的一贯风格，人们看得出，他是真心实意这样做的。而且，他不让宣传这件事，还有更深一层的意思——他不希望因此给别人造成什么影响。如果他的这种做法被别人知道后，给其他人造成了压力，他会感到于心不安。所以，在很长一段时间里，即便是在中国工程院的院士中，也很少有人知道朱光亚捐款这件事，社会上就更没人知道了。
朱光亚是大牌科学家，又担任过国家领导人，但他在中国工程院工作的几年中，始终都把自己当成一名普通工作人员，从不搞什么特殊化。无论是1996年以前租房办公，还是后来搬进中国科技会堂新址，他办公室的条件和几位副院长都是一样的，许多第一次到他办公室的人，几乎都有这样的感叹：“如果不是亲眼所见，真不能想像朱院长就在这样的条件下办公。”但是朱光亚从未觉得自己的办公条件与自己的职务不符，相反，他还是一如既往地严于律己，处处体
