周其凤在吉大上任两个多月后，接受了吉大电视台的专访，系统谈及他对吉大存在问题的看法。这篇访谈质朴而诚恳，直面问题，放到校园网上后成为热点，为他赢来了不少喝彩。一名学生看完访谈后发帖称，“很激动，这个校长没有官话。”
他直面教师中存在的问题：“我们有相当多的老师不做研究也很舒服，他觉得小日子过得不错，很满足于他的现状。”
对前任的批评也似乎不留情面，“盖房子，盖得很大，把装备水平搞得很高，不太符合现在的实际情况，有点过分地或者是超前地豪华，然后这些东西无形之中在几年里形成了一种贪大，攀比。”
他上任第二天就收到了法院的通知书，要求交纳教师的实验保险金和实验保险滞纳金。“这一笔钱是7000多万，后来我才了解我们银行里能用的钱也就是这个数，如果把这7000多万给他们，我们教师的当月工资都发不出来。”
对于学校存在的问题，他开出了系统的药方，但主要是两点：“第一是师资队伍；第二，是管理队伍。”以后的改革也多是从这两个群体开始。
改革执行者
周其凤任期内，吉林大学的改革频频被媒体关注。如：取消45名博导资格、降低职工家属子女加分、公布吉林大学债务困境。
2004年8月25日，周其凤到任不到两个月，他在全校干部大会上作了题为《发扬艰苦奋斗精神，努力开创学校工作新局面》的报告，其中在下半年主要工作的第16点提到“要建立博士生导师淘汰机制”。改革取消了45名教授带博士生的资格。
在研究大学教育问题的上海学者熊丙奇看来，这一改革有可取之处，因为不少学校博导能上不能下，变成一种头衔。以前在上海大学也有类似改革，即评聘分开，打破终身制，但规模没有吉林大学这么大。
然而，取消博导资格的依据却是一套僵化的评聘指标体系，熊丙奇甚至把这套体系称为“傻瓜管理系统”。这套系统始于国家推行的“211”和“985”工程，这两个工程对高校的数字量化考核指标，直接变成了各高校对教师的量化考核。
一位吉林大学的文科讲师认为，这种评聘方式极不合理——吉大规定，不同职称、级别的教师每年均有发表论文的规定数量，在非规定期刊上发表的论文只能作为参考。弊端由此产生。一来，不同的专业具有的期刊数量不一样，有些学科的“有用期刊目录”非常少；二来过分强调研究成果，导致许多老师都不愿意带课，因为这样耽误他的研究时间。
有多位吉林大学教师都提到，在周其凤到来之前，也采取类似的考核方式，但周其凤来了之后，规定得更为严格和细致。
据本刊记者了解，起初被取消博导资格的教授次年相当一部分又恢复了。熊丙奇分析说，“达到指标数字对他们是很容易的事，课题、论文互相挂名就可以，这已经是很普遍的现象了。”
后来，同处长春的东北师大也进行了类似的评聘制度改革，但改革措施相对缓和——先将教师分不同的级别，职称保留，但职称级别可以降低，相对照顾了一些教师的面子。今年初，类似改革被推广到全国，高校教师统一划分为13个等级。
吉林大学的这项改革很快归于平静，另外一项改革却在吉大掀起了极大波澜，即降低职工子女高考加分。
据本刊记者调查，这一改革其实只是按照吉林省教育厅的要求在各高校同步开展，并非吉大独有，只不过是吉林大学被外界关注。在国内，高校职工子女加分入学是一个敏感而又普遍的现象。改革以前吉林大学的要求是：职工子女只要上了二本的分数线就可以进吉林大学。而吉林大学历年分数线比一本线(即重点线)还要高几十分，这就相当给职工家属子女加了近100分，极不公平。
当周其凤执行省教育厅的改革政策，要求职工子女必须达到重点线才可进吉林大学时，遭遇了强烈反对，反对者甚至在会场拉起横幅抗议。
外界传言他来到吉林大学是“堵枪眼”来的，这个说法也源于此。这次改革让周其凤选择了在一次参加中国化学年会时，面对化学界同仁澄清想法：“我没有做错。”他提到他来吉林大学的情形：“当时教育部部长和我谈话，他说我不是让你去当官，我是让你去堵枪眼！”
另一项引起外界关注的是吉大的债务问题。2007年3月19日，吉大财务处在校园网上发布了《关于召开征集解决学校财务困难建议座谈会的通知》。通知称，“
