1986年1月 审定二滩工程初设，为国家决策引用外资修建当时最高拱坝和最大电站的二滩工程创造条件（四川）。

1986年3月 参加“七五”国家科技攻关会议。

1986年4月 查勘三峡工程航运问题（湖北、四川）。

1986年5月 出席岩滩工程碾压混凝土会议。有关方面对是否在主体工程上采用碾压混凝土有疑虑，潘家铮院士反复解释，并庄严宣布愿承担一切责任，使此问题得顺利解决，为岩滩工程的顺利建成做出了贡献（广西）。

1986年5月 陪同世行专家考察三峡、举行会议。世行决定支持中国和加拿大政府对三峡工程进行可行性研究，并聘请以潘家铮院士为首的国际专家，成立指导委员会，任命潘家挣院士为主席，世行人员为副主席，指导论证工作的进行。

1986年7月 作为中国代表和指导委员会主席赴加拿大出席世行三峡会议，确定工作进行计划。

1986年9月 主持龙羊峡工程验收会议（甘肃）。

1986年10月 陪同李鹏总理访问埃及。撰长文详细论述阿斯旺工程的利弊得失，澄清国际上一些不公正的观点。

1986年11月 去会加拿大主持世行三峡会议，审查加拿大提出的概念设计，作出结论并提出今后工作要求。

1987年 被国务院再次任命为学位委员会委员。

1987年2月 考察海南水利水电工程，全力参加三峡论证工作。

1987年7月 考察东北水电工程，参加世界银行二滩特别咨询团会议，任特咨团专家。

1987年8月 推广设计工作招标，先以海南大广坝水电站为试点，并建议在锦屏工程前期工作中推行，以探索经验。

1987年9月 主持世行三峡工程指导委员会会议。考察法国水电工程和潮汐电站。在法国电力公司作报告，向法国电力公司及有关厂商介绍广州抽水蓄能电站规划设计进展情况，建议法方研究合作之可能性。

1987年10月 主持三峡工程船闸问题会议。

1987年12月 主持水利水电工程电算程序开发会议、三峡工程第五次领导小组会议。专著《重力坝设计》出版。

1988年1月 赴加拿大主持三峡工程指导委员会会议。

1988年2月 出席三峡工程第七次领导小组会议。

1988年4月 出席三峡工程第八次领导小组会议。水利电力部撤销，成立能源部。

1988年5月任能源部总工程师，分管水电，至1993年3月。魏文学同志为秘书。

1988年5月 主持龙滩坝型选择会议。当时该工程聘请加拿大和法国著名咨询公司进行咨询，加方力主土石坝方案，法方推荐拱坝方案。潘家挣院上倾向于我国同志建议的重力坝方案。。

1988年6月 赴美国旧金山出席国际大坝会议 16届全会，赴加拿大主持世界银行三峡指导委员会会议。受聘为广州抽水蓄能工程的高级咨询专家，并于7月出席第一次咨询会议。

1988年8月 颁发大坝安全监察细则。参与审定乌江规划报告。

1988年9月 主持广州抽水蓄能电站高级咨询会议，在详细分析地质资料后，确定高压管道及地下厂房布置，实践证明这一选择非常正确。

1988年11月 查勘万家寨工程及引黄入晋、三峡工程会议。

1988年12月 试行锦屏工程设计招标。参加五强溪工程通航问题会议。

1989年 1月 出席广州抽水蓄能电站中法签字会议。获中科院荣誉章。

1989年 3月 出席三峡论证会议。

1989年4月 出席二滩特别咨询团会议，决策一些重大问题。

1989年5月 出席广州抽水蓄能电站第三次咨询会议。当时，四台机组采用两条隧洞还是一条隧洞引水的问题尚争持不下。潘家挣院士从技术上的可能性和考虑第二期工程布置问题，建议决策一洞四机，解决了问题。会上并明确了地下厂房系统及高压岔管、尾水洞通过蚀变带的处理方式。

1989年7月 赴丹麦哥本哈根出席国际大坝会议年会。

1989年8月 参与龙羊峡渡汛战斗，代表科技界出席江泽民总书记及其他中央领导接见有突出贡献的科学家会议。

1989年9月 参与水口水电站截流。

1989年10月 参与葛洲坝大江工程初验。

1989年11月 主持水工结构软件鉴定、出席万家寨工程审查、葛洲坝安全检查和广州抽水蓄能电站第四次咨询会议。确定了广蓄厂房衬护形式、下库坝型、混凝土骨料、调压井形式及二期工程布置方案。

1990年1月 二滩评标，被授予国家设计大师称号。

1990年2月 处理龙羊峡滑坡，出席二滩特别咨询组会议。

1990年4月 代表能源部参加中央慰问团慰问青海唐格木地震区，并随同慰问团视察受震害影响的龙羊峡工地。慰问团对水电工地的艰苦情况留下深刻印象。回京后向李鹏总理写报告反映情况，李鹏总理批了专款救助四局。

1990牢5月 赴澳大利亚悉尼出席国际大坝会议年会、考察澳大利亚水电。当选为中科院技术科学部常委。

1990年6月 参加中科院学术发展方向研究会。

1990年7月 代表三峡工程论证领导小组向中央汇报三峡论证结论，得到中央领导的充分肯定。

1990年8月 主持水口工程现场会，解决有关问题，决定按原计划进行。当时由于各种因素，水口进度大大拖后，世行及外国专家一致认为已无法完成计划。部派潘家挣院土去工地召集业主、设计院、工程局开工作会议，采取紧急措施，包括在基础部位改用碾压混凝土，采用ugo掺料进行暑期浇筑，扭转形势，取得决定性胜利。潘家挣院士的决策受到国际专家的书面强烈异议，但实践证明他的决定是正确的。

1990年9月 出席并主持龙滩工程初设审定、软件成果鉴定等会议。

1990年10月 出席水电学会第三次代表大会。同期，有人反映龙羊峡水库地震堪虞。李鹏总理批示潘家铮同志研究答复，他作了深入的分析，如实地回答和澄清了问题。

1990年11月 出席小浪底咨询会议，赞同采用“孔板方案”。

1990年12月 出席向家坝工程选坝会议，审查“八五”机电攻关研究计划。

1991年1月 随同邹家华副总理访法。

1991年2月 研究“八五”科技攻关项目，向政协汇报三峡工程论证情况，会见德国水利代表团。

1991年3月 审查勘设新技术，研究十三陵工程。出席广州抽水蓄能电站咨询会，定下未决的重大问题。参与“七五”科技攻关验收。