布洛伊尔曾用催眠法治疗一个癔病的女病人安娜。这个病人在许多症候之中，还有一个特殊症候，就是有长达六个星期的时间在干渴得无法忍受时，也不能喝水。在催眠状态中，她诉述自己童年时，如何走进她不喜欢的女家庭教师的房间，看见她的狗从玻璃杯内喝水，引起了她的厌恶，但由于受尊敬师长的传统影响，只好默不作声。她在催眠中，恢复了她对这个往事的回忆，尽量发泄了她的愤怒情绪，此后她不能喝水的怪病才消失。这种治疗主要是通过谈话或暗示进行的，所以弗洛伊德称之为谈疗法，是他后来发展的精神分析法的基础。
他对这个疗效的解释是以布吕克的物理主义为指导思想的，以为人的心理活动有赖于神经系统所供应的物理能。物理能的水平过高时，就需要释放或宣泄，从而促成了神经病的消失。所以弗洛伊德在行医的初期是支持神经病的物理或生理的病因说的。
但是弗洛伊德面对这个疗效，也感觉到身心关系的微妙。由于他受过布吕克的物理主义的教育，所以不立即转入心身交感论，而仅仅主张心身平行论。他说，“神经系统的生理过程的链条不会与心理过程造成因果的关系。”“因此，心理是与生理平行的一种过程。”他认为心物在本质上是不同类的，所以他认为把这一种过程译成他种过程乃是逻辑上的错误。但据弗洛伊德传记的作者琼斯的分析，弗洛伊德并没有彻底坚持平行论，有时也会说身体或性的变化产生了焦虑，或一种情绪导致了手脚的瘫痪。
１８８５至１８８６年间，弗洛伊德就学于法国神经病医生沙可。沙可用催眠法，有时消除了这些症候，有时引起了癔病的症候，因此，弗洛伊德以为治疗身体的症候可以通过观念传递而奏效。他后来又赴南锡，观察了李厄保和伯恩海姆的催眠治疗术。这些法国医生与同时代的德国医生不同，他们不坚持大脑解剖的观点，承认心理病理学为心理学的一个分支。
弗洛伊德由于受了法国的影响，同时根据他自己的临床经验，逐渐从生理的病因说走向心理的病因说或心理动力说（the psychodynamic hypothesis），以为神经病起源于心理内部动机的矛盾。
弗洛伊德在生理病因说的指导下，曾于１８８６年试用过电流疗法、水疗法、按摩法治疗神经病，但疗效并不显著。在心理病因说指导下，他于１８８７年采用从沙可那里学来的暗示疗法，认为这个方法很好，时间也较为经济。但疗效难以持久，常有反复。因此，他乃创制精神分析法，也就是自由联想法，于１８９２年开始运用。他由于坚持赫尔姆霍茨学派的准则，不相信自由意志说而坚持他的所谓决定论，以为任何联想都不是无因而至的，都是有一定的意义的；因此，通过病者的自由联想就可以挖掘出深埋在病者心理最底层的动机或欲望，也就是所谓潜意识的欲望。原来，弗洛伊德把人的心理历程分为三层，上层为意识，中层为前意识，底层为潜意识，构成了他的深度心理学（the ddpth psychology）。他以为一个观念的意识是转瞬即逝的，但是消逝了的观念有需要时可以再成为意识的，这便叫做前意识。至于潜意识的观念是遭受过压抑而被摒斥于意识领域之外的，现在如果要它重复进入意识，就为病者所拒绝了。所以弗洛伊德以为抵抗和压抑是同一历程的两面。精神分析的目的就在于克服这个抵抗，把潜意识的欲望化为意识，治疗就可以奏效了，然而这个抵抗是不容易制服的，需要精神分析家的高度技巧。
被压抑的欲望是什么性质的欲望呢，弗洛伊德以为主要是性的欲望；性的扰乱是神经病的根本原因。他于１８９６年出版了《癔病的病因学》，提出了诱引说（the seduction theory），以为儿童幼时天真，并无性的冲动，只因受了成人的诱引，导致了这种冲动的产生。到了１８９６年后期和１８９７年上半期，弗洛伊德开始对诱引说发生怀疑。１８９７年夏季，他进行了艰苦的自我分析，发现了他自己幼时对母亲的里比多欲和对父亲的敌视，这就是所谓伊谛普斯情结。于是他放弃了诱引说，而承认儿童期的性生活，不过弗洛伊德的“性”不是专指生殖的或生殖器官的快感，而是指一切敏感区的快感。
由于布洛伊尔不同意弗洛伊德关于性的观点，弗洛伊德便改以弗利斯为志同道合的好友。他把自己放弃诱引说和发现伊谛普斯情结的秘密写信告诉弗利斯。弗利斯对性问题的研究有较浓厚的兴趣。他于１８９７年发表他的处女作，提出了一种新的并发症，叫做鼻反应神经症，包括头痛、神经痛及循环、呼吸、消化等内脏器官的扰乱。他的研究有两点特别引起了弗洛伊德的兴趣。“１．他认为鼻粘膜与生殖器官活动有特殊的关系，因为在性兴奋中，鼻粘膜有时有充血现象。２．他从妇女行经的事实揣测两性的生命活动都隐含有周期性。”弗利斯于１８８７年来到了维也纳，通过布洛伊尔的介绍，听弗洛伊德的神经学课。他在此后六年，便经常与弗洛伊德通信。弗洛伊德给他的信函、卡片、摘记计共２８４件，其中有１６８件构成了题为《精神分析的起源》的论文。
弗洛伊德在性的问题上，虽然得到了弗利斯的支持，但阿德勒和荣格继布洛伊尔之后都因反对性的病源学，背弃了弗洛伊德的教义。阿德勒于１９
