三国、两晋南北朝

淮河、长江流域是南北对峙政权的前沿，各方均以通漕积谷为要务。孙吴都京口（今江苏镇江），曾疏凿杜野（今镇江市东十五里）至小辛（今江苏丹阳市北十余里）的徒阳运河。迁都建业（今江苏南京）后，又开凿小其（今江苏句容东南十七里许）至云阳西城（今句容县南唐庄）间三十余里的破冈渎，立仓储粮，以避长江漕路风涛之险。曹魏多次于淮河上游偏西之地，利用汝、颍、洧、渠四水，开贾侯渠、讨虏渠、淮阳渠与百丈渠，这一运河网东南沟通江淮，便于运兵运粮、屯田积谷。西晋末，鉴于徒阳运河位于地势高仰的镇江丘陵地段、河水南倾北泻的状况，于京口之南修建了江南运河上的第一座堰埭（丁卯埭），节制了河水的流失。东晋时，为改善江淮间的运输条件，曾对邗沟进行多次整治。邗沟与鸿沟、汴水等运河开通以来，淮北地区的泗水成了南方沟通中原和黄河下游的主干。谢玄北上伐前秦至彭城（今江苏徐州市）时，遇泗水洪流，军粮运输受阻，便建造七座堰埭，分段控制彭城东南六十里的吕梁河等泗水支流。东晋时还于彭城之北开人工渠，使汶、济、泗诸水相通，泗水过彭城西，入汴通黄河。北魏经略江淮，于水道之沿立仓十二处，储漕粮以供军需。

这一时期，针对各航段水位高下不一的状况，还建造了许多堰埭，漕河人工化、渠化的水平提高，运载能力增强。